Az EME felépítése
Az EME sajátos, egyedi szervezeti felépítésű Egyesület, amelyet az erdélyi magyarság helyzete alakított ki. Integráló keretintézményként működik, ugyanakkor saját kutatócsoportjai vannak, és szolgáltató jellegű tudományos könyvtárakat is fenntart.

Az Egyesületnek a 2009-ös kimutatások szerint 3427 rendes, 95 alapító van. Köztük 16 akadémiai, tiszteleti és külso tagot, mintegy 200 tudományos doktort és több mint 700 orvosdoktort tart nyilván. Egyesületünk köréhez tartozik több mint 2800 egyetemi hallgató. Az EME tehát a legátfogóbb erdélyi tudományos köztestület, de távol áll tőle a monopolhelyzetre való törekvés, ehelyett szoros együttműködést kíván létesíteni más hazai és külföldi tudományos műhelyekkel.

Az EME irányító testületei a következők:

- Közgyűlés
A Közgyűlés évente egyszer tartja ülését, az év első negyedében, jobbára márciusban. Megvitatja és elfogadja az elnök, a főtitkár és a pénzügyi tanácsos beszámolóját, jóváhagyja az új költségvetést, a Választmány határozatait, kijelöli az új feladatokat, határoz személyi változásokról: négyévente megerősíti vagy megújítja az elnökséget és a választmányt, elnököt szintén négyévente, titkos szavazással választ. A Közgyűlést az EME tagjai alkotják.

- Választmány
A Választmány 21 tagból áll s arányosan oszlik meg a szakosztályok között, a tagok egyharmadát évenként kicseréli.

- Elnökség
Az Elnökség tagjai: elnök, négy alelnök, főtitkár, pénzügyi tanácsos, jogtanácsos, pénzügyi ellenőr, titkár, valamint a szakosztályok elnökei. Az elnökséget közgyűlés választja, és bízza meg az egyesület vezetésével négyéves ciklusra.