1.        Együttműködési megállapodás a Magyar Országos Levéltárral (1994. október 25.)

2.        Együttműködési megállapodás a budapesti Ybl Miklós Műszaki Főiskolával (1994. feburár)

3.        Együttműködési megállapodás a heidelbergi Arbeitskreis für Siebenbürgische Landeskunde-vel (1997.)

4.        Megállapodás a Magyar Tudományos Akadémia és az Erdélyi Múzeum-Egyesület között (2002. november 23.)

5.        Együttműködés a Kolozsvári Virtuális Könyvtár létrehozásának tárgyában (2002.) 2002-ben együttműködési megállapodás jött létre nyolc kolozsvári könyvtár között egy virtuális könyvtár létrehozására. Az Erdélyi Múzeum-Egyesület, az Erdélyi Magyar Műszaki Társaság, a Szabó T. Attila Nyelvi Intézet, a Heltai Gáspár Könyvtári Alapítvány, a Kriza János Néprajzi Társaság, az Etnokulturális Kisebbségek Forrásközpontja, a Romániai Magyar Közgazdasági Társaság, a Sapientia Kutatási Programok Intézete képviselői vállalták, hogy közgyűjteményeiket elektronikus formában feldolgozzák és a Kolozsvári Virtuális Könyvtár rendelkezésére bocsátják.

6.        Együttműködési megállapodás a budapesti Teleki László Intézettel (2002.)

7.        Együttműködési szerződés a kolozsvári Sapientia Alapítvánnyal (2003. január 16.)

8.       EME – MTA együttműködési megállapodás 2003. április 14.

9.        Együttműködési megállapodás a nagyváradi Partiumi Keresztény Egyetemmel (2003. május 13.)

10.     Együttműködési megállapodás a Budapesti Műszaki és Gazdaságtudományi Egyetemmel és az OMIKK-al (2004.január 29.)

11.      Együttműködési megállapodás EMT, OSZK val a MEK ügyében 2004. március 30.

12.     Együttműködési megállapodás a budapesti Országos Széchenyi Könyvtárral, Magyar Elektronikus Könyvtárral (2005. február 11.)

13.     Együttműködési megállapodás a debreceni DE Történelmi Intézettel (2005. február 1.)

14.     Együttműködési megállapodás az EME Orvos- és Gyógyszerésztudományi Szakosztálya  és a Magyar Gyógyszerésztudományi Társaság között 2006 április 27.

15.     Együttműködési megállapodás a zentai Vajdasági Magyar Művelődési Intézettel, a somorjai Fórum Intézettel s a kolozsvári Jakabffy Elemér Alapítvánnyal (2oo6. május 12-én). Az együttműködő intézmények célja könyvtár és dokumentációs központok működtetése.

16.     Együttműködési megállapodás a Posta Béla Egyesülettel 2006. március 20-án

17.     Együttműködési megállapodás az MTA Jász-Nagykun-Szolnok megyei Tudományos Egyesülettel, 2007. április 24.

18.     Együttműködési megállapodás az Országos Magyar Bányászati és Kohászati Egyesülettel 2007. március 16-án

19.     EME – MTA együttműködési megállapodás felújítása 2008. március 29-én

20.    Együttműködési megállapodás a Sapientia Erdélyi Magyar Tudományegyetemmel 2008. szeptember 15.

21.     Budapesti Műszaki Főiskola Bánki Donát Gépész és Biztonságtechnikai Mérnöki Karral, 2008. március 14.

22.     Együttműködési megállapodás a Közép-európai Ipari Örökség Útja Egyesülettel 2008. március 13-án

23.     Együttműködési megállapodás a Kolozsvári Magyar Diákszövetséggel 2010. október 28-án

24.     Együttműködési megállapodás az Erdélyi Unitárius Egyházzal 2012. június 20-án

25.     Együttműködési megállapodás az MTA Bölcsészettudományi Kutatóközpont Történettudományi Intézetével 2013. június 3-án

26.     Együttműködési megállapodás a Debreceni Egyetem Magyar Nyelvtudományi Intézetével és a mellette működő MTA-DE Magyar Nyelv- és Névtörténeti Kutatócsoportjával 2014. május 19.-én

27.     Együttműködési megállapodás Lucian Blaga Központi Egyetemi Könyvtárral 2014. július 29-én 

28.    Együttműködési megállapodás a Magyar Professzorok Nemzetközi Szövetségével 2015. március 19-én

29.     EME – MTA együttműködési megállapodás felújítása 2015. május 4-én

30.    Együttműködési megállapodás az Országos Széchenyi Könyvtárral 2016. január 22.