Az Erdélyi Múzeum-Egyesület országos intézmény: hozzátartoznak a különböző erdélyi városokban alakult fiókszervezetek. Ilyen helyi fiókok szerveződtek Nagyváradon, Zilahon, Szilágysomlyón, Szatmáron, Marosvásárhelyt, Gyergyószentmiklóson, Sepsiszentgyörgyön. Ezek autonóm egyesületek, s feladatuk a helyi s környékbeli magyar tudományos törekvések összefogása. Az EME évenkénti vándorgyűléseit a fiókegyesületekkel közösen szervezi. Ezeken általában magyarországi kutatókat is szerepeltetnek.
Fiókegyesületi vezetőség:
Aranyos-vidéke
Fodor Attila, elnök fodorattila'kukac'yahoo.com
Máté Hajnal, titkár matehelga 'kukac' yahoo.com
Csíkszereda
Oláh-Gál Róbert, elnök olahgalrobert 'kukac' uni.sapientia.ro
Gyergyószentmiklós
Garda Dezső, elnök bgardad 'kukac' yahoo.com
Marosvásárhely
Simon Zsolt simonzsolti 'kukac' yahoo.com
Sepsiszentgyörgy
Bíró Boróka, elnök biro_boroka'kukac'yahoo.com
Kulcsár Erika, titkár
Szilágysomlyó
Széman Péter, elnök szemandr 'kukac' yahoo.com
Zilah és vidéke
Kovács Kuruc János cslaci36 'kukac' yahoo.com
Csóka László és Kürti Barna alelnökök